這一部不算是遊戲王的續集，基本而言，算是全新的故事。主角遊城十代，就讀決鬥學園（哇靠連決鬥都需要開學校了？）。新生入學時就打敗歐貝利斯藍的庫羅諾斯教授（決鬥學園的學院由高至低是歐貝利斯藍、太陽神黃、歐西里斯紅。後來發現學園的的董事是海馬，難怪歐貝利斯藍是最高而歐西里斯紅是最低，根本就是挾怨報復嘛......），因而被其記恨而打入歐西里斯紅。如同有些菁英會有優越意識一般，歐貝利斯藍的人根本瞧不起歐西里斯紅的人，驕傲自滿，除了丸藤亮之外。（附帶說明，歐貝利斯藍是唯一有女生分院的）
但十代屢屢跌破大家眼鏡，接二連三打敗強者，只有這個學園的凱薩－丸藤亮讓他挫敗過。
接著，如果只有學園的敵人那就無聊了。於是，一個接一個的反派組織，即將強襲而來......
【第一季，七星篇】
決鬥學園存在的目的之一，就是要封印三張可怕的卡片－三幻魔。這三張卡有著過度可怕的力量，因而由影丸理事長交給鮫島校長，將其封印在七精門。將七把鑰匙託付給七位決鬥者，藉著決鬥阻止七星來搶奪。
好不容易，終於先後打敗前六星。但七星中第一位被打倒的暗黑魔王，原來是明日香失蹤多年的哥哥吹雪。在吹雪恢復記憶之後，意外道出當初帶他去參加暗黑決鬥課程的人是安西里斯紅的大德寺教授。眾人方知他在裝弱裝膽小，其實力驚人，用的怪獸是屬於把越多卡片送到異次元就戰鬥力越強的怪獸。（但是華視翻譯好遜，翻出來的那些怪獸名字都很拗口）好不容易，十代才終於打敗了他。
誰知，此時七精們卻打開了。原來一切是影丸設下的騙局，目的是藉由與七星對決時的決鬥者鬥氣以打開門，取得三幻魔。換句話說，七位守護者與七星根本就是被利用了。
三幻魔具有吸收戰鬥精靈的精氣之能力，影丸便打算來靠他們吸收精氣以回覆年輕的肉體。但他沒有控制精靈的能力，所以要十代與他決鬥。只要打敗有與精靈溝通能力的十代，他就能得到駕馭精靈的力量。
幸好，大德寺已經注意到影丸的野心，所以死前交託給十代的外掛卡片，在最後派上了用場，助十代打敗影丸。
這邊可以看出，GX其實原本想要走輕鬆逗趣風，走出跟遊戲王不一樣的風格。但很明顯地，大家比較喜歡酷帥的男主角，而不是熱血樂天無腦筋的主角，所以在第一季之中，GX並不受到歡迎。
【第二季，破滅之光篇】
這一學期強襲而來的滿口命運的塔羅牌牌組決鬥者，齋王琢磨。預言命運的力量，齋王的身上卻是有著另一個人格，破滅之光。
在這兒還挺諷刺的。一般而言，光是善，闇是惡。但在這兒，「擁有正確的黑暗之力」成了阻止「邪惡的破滅之光」的救世主。不知該說編劇倒黑為白呢？還是要說明無論光案之中都有分善惡？
十代在此遭到人生第一次挫敗，連同丸藤亮一起被新人艾徳練等級，還因而看不到自己的牌。直到重新接受到了宇宙空間人的力量，成了宇宙正義的使者，回來阻止齋王的野心。
......這太嚎笅啦～～（翻桌）
後來，齋王控制了奧金王子，得到足以啟動衛星的鑰匙。那衛星將射出核子導彈，要毀滅地球！為救地球，十代挺身而出，最後終於擊敗破滅之光，讓齋王恢復了原本的人格。
【第三季，優貝爾篇】
這一季比較幽暗，卻也是最受歡迎的一季。可見陽光取向的觀眾不愛，越悲慘越黑暗的觀眾才喜歡，囧。
優貝爾，他是幼年時期的十代最愛的一張卡片。卻因為常常傷及跟遊戲決鬥過的人，所以被遊城送上宇宙。而在那之後遊城的爸媽把他送去動手術，從他腦中抹掉有關優貝爾的事。
優貝爾孤獨地在宇宙中飄流，降落地球時還飽受穿過大氣層之苦。在痛苦之中，被殘餘的破滅之光所影響，心性扭曲。他自問，難道十代不愛他嗎？不，這不可能。但，為什麼要受這樣的痛苦？那麼結論只有一個，那就是這傷害就是因為愛。所以他要回報十代給他的「愛」，他要接二連三傷害十代及他身邊的人，使十代能感受到他的「愛」。
他掌控了寇布拉心理上的弱點，使寇布拉替她行動，舉辦死亡決鬥。大家戴上的手錶名為紀錄大家是否有參予戰鬥，但卻是會在大家戰鬥時的精神與體力的機器。
藉此之助，終於得到足夠的力量，使降落地球時受損嚴重的優貝爾得以重生。重生後殺了寇布拉，而看起來很可惡的寇布拉也只不過是因為心中想要孩子復活而被他控制的可憐蟲而已。
透過這個力量，優貝爾把整個決鬥學院搬到異次元，也就是數碼寶貝戰鬥怪獸的世界。外面有戰鬥怪獸的侵襲，導致大家只好龜縮在戰鬥學院。由於糧食有限，大家火氣都大。加上後援無方，人心惶惶。極端恐懼與飢餓的交迫下，開始人心惶惶。此時，優貝爾施展黑暗力量，讓部分學生變成戰鬥殭屍，跑去襲擊大家。被打敗的人也會變成殭屍，就算打贏，因為那無法拆下的手錶之故，決鬥的雙方體力與精神力都會被抽走，變成優貝爾的力量。但殭屍沒有知覺，是不會疲勞的，而一般的人卻是無法撐過太多場戰鬥，就這樣一一淪陷。最後，優貝爾調虎離山，以食物為誘餌，約戰正道，再放出要攻占發電廠的訊息，使得有料到食物決鬥是誘餌的歐布萊恩他們撲空，取出三幻魔（七星一定很幹，他們奮戰了半天，結果優貝爾輕輕鬆鬆就拿到三幻魔，那他們是打好玩的嗎？）。
危急之際，透過發電廠的電磁力使空間產生些許扭曲，藉以跟博士聯絡上，找到回去的方法。與優貝爾決鬥，透過約翰的彩虹龍力量，總算是擊倒優貝爾，讓大家恢復，並讓決鬥學園回到現世之中。
不幸的是，約翰並未來得及回來。想起優貝爾身分的時代十分自責，決定回到異世界救回約翰。當然，大票十代幫成員也去。
只是，由於這兒的決鬥是輸了就死，所以十代只願自己上場。但大家看到這麼殘酷的決鬥而內心受到影響，使得殺了銅王後跑出的五顆邪珠得以入侵其中五位的心靈，並在下一場決鬥中利用，導致五人中的四人身亡。留下來的翔，身上的邪珠是「疑」，便懷疑十代根本是只想要一個人戰鬥愉快就好，不管他人死活。加上十代之前說過「不論任何代價一定要救回約翰」（加上他對救回約翰的那種招及態度......我懷疑他們是一對很久了XD），更被翔懷疑他根本不管大家死活。只想就大家卻導致這樣的結果，加上之前寇布拉與優貝爾喊話的結果，導致時代終於崩潰，被內心的黑暗意識控制，成了霸王十代，創下「男主角成為魔王」的先例。
好不容易，在吉姆和歐布萊恩的犧牲下讓十代復原。但十代想起霸王時期時做的惡事，不敢再戰鬥。直到凱薩與約翰的激烈決鬥，凱薩壯烈犧牲，才喚醒十代的鬥志。最終，十代終於打倒優貝爾。但想起兩人前世友誼的十代自感對不起優貝爾，最後發動超融合讓優貝爾與自己合體（最好卡片是能這樣發動啦），化解了這次危機。
其實主角若因此犧牲，也不失是個好結局。可惜有狗尾續貂的第四季，讓十代在復活回來打莫名奇妙的敵人，把結局做壞掉。
【第四季，Darkness篇】
這一季大家都決定了自己的未來（因為要畢業了咩），然後再打完莫名奇妙蹦出來的魔王。身為最後的魔王，竟然兩集就下台一鞠躬，真是令人不勝唏噓。
不過，通曉人心弱點似乎成了歷任魔王的必修學分。Darkness厲害的不只是發掘人心中黑暗的弱點，更厲害的是，原本無弱點的人，他也能修改他們的記憶，幫他們製造出弱點來。要不是十代已經跟優貝爾結合，具有不怕這種幻術的外掛，恐怕也難逃此招。
只是，十代還是著了道兒，跟齋王決鬥時（齋王這個過氣魔王，在破滅之光被打敗後就失去預知未來的力量。表面說這樣換取不被控制也挺值得的，內心卻還有對力量的渴望，故而被Darkness的力量入侵）偷偷放入被黑暗污染的牌進入十代的牌組中（齋王這招根本是學羽蛾的咩），使十代差點也被影響，把約翰看成Darkness對打，直到把牌組拿下來後才發現對面是約翰。
最後兩人合力擊敗被Darkness附身的藤原優介，要不是約翰掩護，十代早死了好幾遍，真不知道誰才是主角。
最後，Darkness出現，與十代大戰一場。十代發揮主角威能，擊倒敵人，拯救世界。
最後畢業後還來一場遊戲戰遊城，前後任主角的戰鬥，算是蠻振奮人心呢！
事實上，比起遊戲，十代敗的比賽算多了，比較接近現實吧？（笑）
不過，裡面很多段落都是模仿遊戲王的。像亞門小時候的記憶，這......簡直跟利希德一樣咩！（不同的是亞門內心的黑暗被優貝爾喚醒了，還殺了他的女友艾可以得到力量，結果最後被優貝爾做掉了）
不過，GX後面是越來越精采，尤其第三季是最精采的，這點倒是無庸置疑。只是，下一任主角遊星比遊城還有人氣，或許也證明了觀眾還是喜歡寡言且又酷又帥的男主角吧？
