這部動畫是第三代遊戲王，特色是「騎乘決鬥」。作為續集本來不被看好，然而最後卻意外地叫座呢！
本故事情節分成篇，大綱陳敘如下：
1.歡樂杯篇：新童實野市長哥德溫召開歡樂盃大賽，意圖集合五位龍印者。身為一介衛星區出身又被紋上犯罪者的印記（其實他也不過是從衛星區跨越禁制跑到都市區罷了，勉強算是偷渡罪吧）的不動遊星，從被人鄙視外加不看好到參加歡樂杯，一路從八強賽打上來，先後打敗炎城 驅、波馬及同樣身為龍印者的十六夜 秋，最後與王者兼宿敵的傑克阿特拉斯決戰，爭奪歡樂杯的冠軍！
2.闇印者篇：成為新王者的不動遊星，馬上要面臨闇印者的挑戰。原來，五位龍印者是紅龍的化身，世世代代的龍印者都在跟闇印者展開宿命的對戰。當初被紅龍擊敗而被封印的成為納斯卡地版畫的那些地縛神即將復活，挑上他們寄宿的對象（如米斯悌、卡莉、鬼柳京介、波馬......），成為闇印者！
哥德溫告訴遊星龍印者的使命，慢慢整合大家的力量，展開龍印者與闇印者的對決。然而，哥德溫與闇印者的首領是兄弟，而哥德溫一切籌劃的背後竟另有目的......
3.WRGP初賽篇：闇印者消滅後，同時也是終於恢復和平。都市區與衛星區也終於化消歧見，慢慢地經過一年的建設後逐漸整合。然而就在一切似乎都要快好起來的時候，新的敵人開始伸出魔爪。「太一」這個組織出現，試圖干擾歷史，毀滅新童實野市。舉辦世界騎乘決鬥大賽（WRGP），在大賽之中試圖慢慢完成他們的陰謀。而遊星他們渾然不覺，遊星、傑克、克羅三人組成一隊參賽，想印證自己的決鬥實力。然而，隨著比賽的進行，操縱著「機皇帝」的太一三人組（盧奇亞諾、普拉西多、何賽）慢慢浮上檯面......
4.小鎮篇：這是個小短篇，是在遊星與普拉西多決戰導致市區破損甚重，WRGP必須停賽一個月時發生的。這段時間，遊星他們三人都要出發去找新的力量。遊星接到信，決定去解救摯友鬼柳京介。誰知，小鎮之中別有陰謀。遊星除了要破解陰謀外，還要喚醒鬼柳那自從曾經成為闇印人後便失去生存意志的心，讓他自己願意站起來戰鬥......
5.WRGP決賽篇：終於到了最後決賽的時刻。5D's隊先後打敗太陽隊、諸神黃昏隊，終於對上太一隊。機皇帝精銳盡出，最後的決賽終於於焉展開。
原來，太一三人組是來自未來破滅的世界。因人心黑暗，導致永轉機反向運轉，致使毀滅的未來。面臨絕望的阿波力亞遇上了能並肩作戰的同伴，四人一同努力。阿波力亞在幕後黑手的幫助下，從童年、少年、老年分成三個人飛送到這個世代，就是太一三人組。
最後決戰，盧奇亞諾、普拉西多、何賽合體變回阿波力亞，與遊星展開決戰！
6.彩虹搖籃篇：打倒阿波力亞，卻無法阻止彩虹搖籃的來臨。再這樣下去，彩虹搖籃將會壓毀新童實野市。於是遊星等人在諸神黃昏隊的協助下，衝上天空，來到彩虹搖籃，要阻止毀滅！
誰知，最後的魔頭Zone，竟是曾經把自己同化成不動遊星、意圖解救世界的男人。可惜最後還是阻止不了破滅，他與其他三位同志才決定用回到過去的技術來造成童實野市毀滅，改變破滅的未來。
第一個嘗試是帕拉杜克斯，讓他去毀掉怪獸卡的源頭（這邊就跟劇場版連結上了）；再來是阿波力亞，由他去舉辦WRGP，利用決鬥者之間的鬥氣集中來打開時空裂縫；第三個人化身布魯諾以友善之姿靠近遊星身邊幫助他們變強以能在跟太一三人組的戰鬥中激發更多的鬥氣；最後Zone在讓未來已經破滅的新童實野市與遊星們這個時代的新童實野市接觸，造成毀滅新童實野市的計畫。
同樣懷著救世的心，然而一個要保衛現在開創未來，一個要毀滅過去開創未來。Zone與遊星，一路打到宇宙去，展開一場精天地的絕世決鬥！
最後，終於化消了毀滅危機。而在那之後，龍印者已經完成了使命。不需要救世的救世主，之後又要何去何從呢......
說實話，我覺得這部卡通不錯看。雖然斷掉的梗也不少，也有很多無關緊要的決鬥，然而在劇情的連貫性及埋伏筆的功力而言，本部戲已經算是神作了。雖說在打完闇印人時其實已經可以算是個結局了，卻又挖出足夠的伏筆來湊出新的戰鬥，其實也是很厲害的啊！
